Die Flußmeisterstelle Deggendorf liegt auf einem etwa 1,3 ha großen Gelände in einem Gewerbegebiet nahe der Donau. Das Grundstück war mit Werkstätten, Lager- und Garagengebäuden bebaut. Da die Altbauten aktuellen Anforderungen nicht mehr entsprachen, wurden diese zurückgebaut. Ein Neubauensemble aus drei Baukörpern mit insgesamt 5.150 m² Nutzfläche über teilweise drei Geschosse entstand. Die drei zeilenartigen Baukörper haben jeweils ein markantes Steildach und bilden, zueinander versetzt einen Betriebshof, der alle Funktionen der Flußmeisterstelle enthält.

In der direkten Nachbarschaft liegt das historische Schiffsmeisterhaus. Das Zusammenspiel der Gebäude als Ensemble wurde mit dem Denkmalschutz abgestimmt. Städtebaulich nehmen die drei langgestreckten Neubauten mit ihren einfachen Satteldächern die vorhanden Bautypologie der Umgebung auf. Das Schiffsmeisterhaus als ortsprägendes Baudenkmal wird durch die Anordnung der Ersatzbauten in den Vordergrund gerückt und ist somit deutlicher als eigenständige Einrichtung ablesbar. Das Baudenkmal wird so zum Kopf des Ensembles.

Die Fassaden im Erdgeschoss der Neubauten wurden mit robusten, getönten Betonfertigteilen verkleidet. Die Obergeschosse und die Dachflächen sind einheitlich mit einem silberfarbenen Profilblech überzogen. Die Dachtragwerke der drei Neubauten sind mit Dachstühlen aus Holzbindern in Sichtbauweise überspannt.Das zentrale Verwaltungsgebäude wurde im Passivhausstandard errichtet. Die beiden zeilenartigen Baukörper beinhalten unterschiedliche Werkstätten, Lagerflächen, eine Fahrzeugwaschhalle und zahlreiche Abstellflächen von Ausrüstungen für den Katastrophenfall.

Das Ensemble liegt im Überflutungsbereich der Donau. Dies wurde sowohl für die Planung der Lage der Schlaf- und Wohnräume als auch bei der Wahl geeigneter Baustoffe berücksichtigt. Es entstand ein feines Ensemble, das seine Entstehungszeit nicht leugnet und sich trotzdem wunderbar in die Stadtsilhouette einfügt.